Cette période est couverte par le jeu vidéo Hitman: Contracts. Après la mort de son père, complètement bouleversé par les révélations de ce dernier, 47 a continué de travailler pour l'Agence, l'organisation de tueurs, convaincu qu'il ne sait faire que ça puisqu'il a été créé dans ce but. Les contrats s'enchaînent, et 47 continue de vivre sa vie triste, violente et solitaire jusqu'à ce que l'Agence l'amène à Paris pour exécuter trois hommes, dont le chef corrompu de la police, Albert Fournier. Si les deux premières cibles ne lui posent aucun problème, la dernière était au courant de la visite de 47 qui se retrouve pris dans un guet-apens. 47 parvient malgré tout à s'échapper, gravement blessé par une balle dans le ventre, il parvient à rejoindre sa chambre d'hôtel et a appeller des secours, avant de s'effondrer. Mourant et fièvreux, 47 se met à délirer, il se remémore toutes les personnes qu'il a tué depuis qu'il est parti de l'asile: proxénètes, gangsters, dealers, psychopathes, terroristes... Heureusement, les secours promis arrivent et un médecin de l'Agence se charge de remettre 47 sur pied avant de repartir, laissant 47 récupérer, perdus dans ses rêves. Mais une fois encore, l'immeuble de 47 se retrouve entouré par les forces de la police, dirigées par Albert Fournier. Trop tard cependant, car 47 reprend ses esprits et s'enfuit vers l'Aéroport Charles de Gaulle, éliminant Fournier dans sa fuite.
Mais dans l'avion, 47 est déboussollé. La balle qu'il a prise a bouleversé sa vision du monde. Sa rencontre avec la mort lui ayant permis de lui faire prendre conscience de l'importance de la vie. Bien qu'il ne soit qu'un clône, il sait maintenant que des sentiments humains l'habitent, contrairement à tous ses frères qui n'étaient que de simples machines à tuer. D'un seul coup, tous ses meurtres le dégoûtent et l'obsèdent, à partir de maintenant, il tire un trait sur son passé.
C'est à ce moment que Diana Burnwood contacte 47 pour lui expliquer ce qu'il s'est passé. Grâce à tous les contrats qu'il a remporté, 47 s'est taillé une solide réputation dans le milieu des tueurs. Son nom est désormais connu de la pègre du monde entier, et si tout le monde se l'arrache à prix d'or, les puissants du monde entier craignent qu'un concurrent ne leur envoie un jour 47. A tel point que, depuis quelques temps, plus de la moitié des contrats reçus par l'Agence sont sur la tête de 47 ! Mais l'Agence refuse de gaspiller un aussi bon élement, principal responsable de son prestige par ailleurs, ce qui risque de lui faire perdre ses principaux alliés. La seule issue envisageable pour l'Agence est donc que 47 se fasse passer pour mort, changeant d'identité et de visage, dédommagé par une forte somme d'argent, avant de revenir sur le terrain. Mais pour 47, il existe une solution plus simple. Il se retire définivement du milieu et se fait oublier. Diana accepte à contrecoeur et lui fait froidement ses adieux. Sa séparation avec l'Agence étant officielle, il lui reste à trouver un nouveau but à sa vie.
